Pour avoir enfin fait gagner Messi en l’entourant d’une nouvelle génération. L’homme aux 5 Ballons d’Or fait rêver les foules chaque week-end depuis son arrivée au Barça. L’Argentine de Pekerman et de son meneur de jeu Riquelme se qualifie sans soucis pour la Coupe du monde 2006 en Allemagne. César Luis Menotti est toujours à la tête de la sélection qui débarque en Espagne avec pour mission de conserver son titre lors de la Coupe du monde 1982. Malgré Diego Maradona, cette fois incontournable, les Argentins quittent la compétition au deuxième tour après deux défaites contre l’Italie (2-1, but de Daniel Passarella) et le Brésil (3-1, but de Ramón Díaz). Elle a également atteint la finale en 1930 et en 1990, et compte 14 victoire en Copa América depuis 1921, une de moins que l’Uruguay qui détient le record avec 15 victoires dans la compétition continentale.
Une des trois plus larges défaites de l’Argentine fut enregistrée à Helsingborg (Suède), le 15 juin 1958, contre la Tchécoslovaquie qui se solda par un score de 6 buts à 1 pour les Tchécoslovaques, dans le cadre du 1er tour de la Coupe du monde 1958, le seul buteur argentin de la compétition est Oreste Corbatta. En Italie lors de la Coupe du monde 1990, l’Argentine a l’occasion de remporter une troisième coupe du monde en 12 ans (exploit réalisé uniquement par le Brésil entre 1958 et 1970). En dépit d’un départ raté (une défaite lors du match d’ouverture face au Cameroun), l’équipe de Bilardo monte en régime tout au long de la compétition en battant un Brésil poussif en huitièmes (1-0, but de Claudio Caniggia), la Yougoslavie en quarts (aux tirs au but) et surtout le pays hôte, l’Italie encore aux tirs au but au stade San Paolo de Naples, dans un match chargé de symbole pour Maradona.
Alfio Basile enchaîne avec les éliminatoires pour la prochaine Coupe du Monde. En effet, l’Argentine est 5e à 2 journées de la fin et doit absolument s’imposer pour éviter de passer par les barrages ou pire de se voir privée de Coupe du monde 2010 en Afrique du Sud. Contrôlé positif à la cocaïne en 1991 et suspendu pendant plus d’un an, Maradona quitte la sélection avant de revenir une dernière fois à 34 ans pour la Coupe du monde 1994 aux États-Unis. Mais malgré cela, le groupe sélectionné pour la Coupe du Monde 1998 possède nombre de grands joueurs (Ayala, Sensini, Zanetti, Simeone, Veron, Ortega, Lopez, Maillot de Foot Pas Cher Fiable Batistuta) et est l’un des favoris logique dans la conquête du titre mondial. « El loco » Marcelo Bielsa reprend les rênes de la sélection et va tenter lui aussi d’amener au titre mondial une sélection pleine de talent mais sans titre depuis 1993. Ce n’est pas la Copa América 1999 qui va l’aider puisque une Argentine A’ s’incline encore en quart de finale contre le Brésil.
Néanmoins cela reste insuffisant et Bielsa décide de quitter de lui même la tête de la sélection après 6 ans à sa tête. L’Argentine est, avec la France, l’unique sélection à avoir remporté toutes les compétitions internationales les plus importantes organisées par la FIFA : Coupe du monde de football, Jeux olympiques, Coupe des Confédérations, Coupe régionale (Copa América dans le cas de l’Argentine). Maxi Rodriguez est récompensé par la FIFA pour avoir inscrit le plus beau but de la Coupe du monde 2006 lors du match Argentine – Mexique (2-1 a.p.) en huitièmes de finale : après une longue passe de Juan Pablo Sorín, Rodríguez, à l’entrée de la surface de réparation, enchaîna contrôle de la poitrine et reprise de volée croisée qui atterrit dans la lucarne droite du gardien mexicain.
Après une victoire 2-1 contre la Côte d’Ivoire, l’Argentine impressionne ses adversaires lors d’une victoire 6-0 contre la Serbie-Monténégro où Messi devient le 5e plus jeune buteur de l’histoire de la Coupe du Monde. Le caractère autoritaire de Pasarella créer un conflit avec certains joueurs, ainsi, Fernando Redondo probablement alors le meilleur milieu défensif du monde n’est plus sélectionné car il refuse de se couper les cheveux selon les ordres de Passarella. En 1997, Pasarella subit un nouveau revers mais avec une sélection bis puisque les Albicelestes s’inclinent encore une fois dès le quart de finale mais cette fois face au Pérou 2 buts à 1. Malgré cela, l’Argentine réalise un bon parcours en qualifications en terminant premier et l’AFA fait confiance à Passarella pour emmener cette sélection à grand potentiel jusqu’au titre mondial en 1998 en France. En 2013, Zinédine Zidane en personne lui a fait visiter les installations du Real Madrid.